Após esgotar os recursos do planeta Terra, a Humanidade, sofrendo com a superpopulação e a degradação do meio ambiente, resolve construir colônias no espaço sideral, ao mesmo tempo em que procura recuperar o planeta. O resultado é o estabelecimento de gigantescos satélites artificiais ao redor da Terra. Com a recuperação do padrão de vida terráqueo, a vida em ambos os sistemas parece caminhar para a perfeição. Até as datas passam a ser escritas de outra forma: agora, DC significa Depois da Colonização. Mas há algo que os humanos não conseguiram eliminar ou transformar: sua ânsia por guerras.

Uma série de conflitos bélicos entre as nações se espalham sobre a Terra, ocasionando a criação de uma aliança militar que tem por objetivo, a princípio, evitar as guerras. No entanto, com o crescimento de seu próprio poderio e da sua influência sobre os países, a própria Aliança da Esfera Terrestre Unida se torna um força opressora sobre as nações, passando a controlá-las através da ocupação militar. Mas havia ainda um fronteira nas suas ambições de controle: o espaço sideral. Sob a justificativa de evitar novas guerras, uma vez que as colônias espaciais, estando fora da zona de controle da Aliança, representavam uma fonte de conflitos em potencial, o espaço sideral é dominado pelas forças da Terra.

Entretanto, dois homens tentaram mudar essa história de guerras: Heero Yui, nas colônias, e o Rei Peacecraft, do Reino Sank, tentaram criar um mundo baseado no pacifismo através do desarmamento total das nações. Temendo as consequência dessa iniciativa, a Fundação Romfeller, organização que reunia as antigas aristocracias de todo o mundo e que havia apoiado a criação da OZ, um grupo de soldados especialistas da Aliança Militar, interfere diretamente nessas iniciativas de paz. Heero Yui, líder os esforços antiarmamentistas da colônias espaciais, é assassinado. Na terra, o Reino Sank é destruído, e a sua família real é eliminada e dispersa.

Entretanto, a morte de Heero Yui desencadeou uma insurreição secreta nas colônias. Um grupo de cientistas que, no passado, foram os idealizadores dos Mobile Suits - robôs humanóides de luta com cerca de 15 metros de altura, principal arma das forças da Aliança Terrestre e da OZ - envia à Terra cinco MSs especiais, feitos de liga de Gundanium, pilotados por cinco jovens de capacidades excepcionais. É a Operação Meteoro: a descida dos Gundams à Terra. Mas o quartel-general da Aliança descobre a operação… O personagem principal da série tem o "nome código" Heero Yui, em homenagem a este antigo líder.